Linhas de pesquisa

O projeto que deu origem ao laboratório: o sequenciamento e a análise do genoma do Rhodnius prolixus, o barbeiro, principal vetor da doença de Chagas na América Latina. A partir dele, a linha se expandiu para a biologia de outros artrópodes de interesse médico e agrícola — imunidade, hematofagia, reprodução e a relação entre o inseto e os parasitos que ele transmite. Os dados gerados (montagens do genoma, predições gênicas e trilhas de RNAseq) ficam publicamente disponíveis no navegador de genomas do laboratório.

Quem atua nesta linha hoje

Membros atuais do laboratório cuja pesquisa está nesta área — não necessariamente autores das publicações listadas abaixo.

Rafael Dias MesquitaBioquímica | Bioinformática | Genômica | Transcriptômica | Anotação/Prospecção de genes e proteínas

Montagem e anotação de genomas — desde a organização de reads brutos de sequenciamento até a predição de genes e a análise comparativa entre espécies. Além do genoma do Rhodnius prolixus, a linha inclui a identificação de genes ligados ao sexo, famílias gênicas expandidas e polimorfismos associados a características de interesse, como a resistência a inseticidas.

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Membros atuais do laboratório cuja pesquisa está nesta área — não necessariamente autores das publicações listadas abaixo.

Rafael Dias MesquitaBioquímica | Bioinformática | Genômica | Transcriptômica | Anotação/Prospecção de genes e proteínasBernardo Saraiva VelozoBioinformática | Genômica | Oncologia | Pesquisa CientíficaMárcio Wilson Dias de BritoBiologia | Bioinformática | Pesquisa e Desenvolvimento | Oncologia | Genômica | Transcriptômica | Machine LearningNilton SilvaModelagem de proteínas | Genômica | Transcriptômica | Dinâmica molecularAna Beatriz de Almeida MouraGenômica | Modelagem metabólica | Bioinformática | Prospecção de proteínas alvo

Montagem de transcriptomas de novo e guiada por genoma, seguida de análise de expressão diferencial e clusterização de perfis de expressão. Aplicada ao estudo de tecidos específicos — como o trato digestivo e o tecido ovariano de triatomíneos — e a comparações entre condições experimentais, incluindo estudos com potencial biomédico, como perfis de expressão em modelos oncológicos.

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Rafael Dias MesquitaBioquímica | Bioinformática | Genômica | Transcriptômica | Anotação/Prospecção de genes e proteínasMárcio Wilson Dias de BritoBiologia | Bioinformática | Pesquisa e Desenvolvimento | Oncologia | Genômica | Transcriptômica | Machine LearningNilton SilvaModelagem de proteínas | Genômica | Transcriptômica | Dinâmica molecular

Modelagem tridimensional de proteínas por homologia, docking proteína–ligante e simulações de dinâmica molecular, aplicados à predição de mutações em proteínas alvo de antibióticos e ao desenho racional de fármacos. Em paralelo, a prospecção tecnológica de enzimas de interesse biotecnológico — identificação de candidatas a partir de dados genômicos e transcriptômicos, para aplicações industriais e ambientais.

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Rafael Dias MesquitaBioquímica | Bioinformática | Genômica | Transcriptômica | Anotação/Prospecção de genes e proteínasVicente Salgado PiresBioinformática | Modelagem de proteínas | Desenho racional de fármacos | Dinâmica molecular de proteínasNilton SilvaModelagem de proteínas | Genômica | Transcriptômica | Dinâmica molecularVictória Gabriela da Silva TrindadeBiotecnologia | Bioquímica | Prospecção tecnológica de enzimasGabriel Stamato NunesBiotecnologia | Bioquímica | Microbiologia | Prospecção tecnológica de enzimasAna Beatriz de Almeida MouraGenômica | Modelagem metabólica | Bioinformática | Prospecção de proteínas alvo

Reconstrução de redes metabólicas em escala genômica a partir do genoma anotado de um organismo e sua análise in silico — por exemplo, por análise de balanço de fluxos — para prever como o metabolismo responde a mudanças de meio ou a modificações genéticas. A linha conecta a anotação de genes e enzimas feita no laboratório à engenharia metabólica, com foco em rotas de produção de compostos de interesse biotecnológico, como álcoois e ácidos graxos de cadeia longa.

Quem atua nesta linha hoje

Membros atuais do laboratório cuja pesquisa está nesta área — não necessariamente autores das publicações listadas abaixo.

Caroline Azevedo de AraújoBiologia de sistemas | Modelagem metabólica em escala genômica | Engenharia metabólicaAna Beatriz de Almeida MouraGenômica | Modelagem metabólica | Bioinformática | Prospecção de proteínas alvo

Aplicação de métodos de aprendizado de máquina a grandes conjuntos de dados biológicos produzidos ou reanalisados pelo laboratório — sequências genômicas, perfis de expressão e redes de interação. O objetivo é extrair padrões que a análise convencional não alcança: classificar amostras, selecionar genes e assinaturas de expressão com potencial de biomarcador e apoiar a anotação funcional de genes e proteínas.

Quem atua nesta linha hoje

Membros atuais do laboratório cuja pesquisa está nesta área — não necessariamente autores das publicações listadas abaixo.

Márcio Wilson Dias de BritoBiologia | Bioinformática | Pesquisa e Desenvolvimento | Oncologia | Genômica | Transcriptômica | Machine LearningSabrina Atella BarreiraBiomedicina | Bioquímica | Biologia Molecular | Oncologia | Predição de marcadores multiômicos

Uso das técnicas de genômica, transcriptômica e modelagem molecular do laboratório em questões biomédicas diretas — da análise de variantes e padrões de expressão em modelos oncológicos até a predição computacional de mutações que levam à resistência bacteriana a antibióticos, um problema de saúde pública estimado em centenas de milhares de mortes por ano no mundo.

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Membros atuais do laboratório cuja pesquisa está nesta área — não necessariamente autores das publicações listadas abaixo.

Bernardo Saraiva VelozoBioinformática | Genômica | Oncologia | Pesquisa CientíficaMárcio Wilson Dias de BritoBiologia | Bioinformática | Pesquisa e Desenvolvimento | Oncologia | Genômica | Transcriptômica | Machine LearningSabrina Atella BarreiraBiomedicina | Bioquímica | Biologia Molecular | Oncologia | Predição de marcadores multiômicos